Milli parkın kaynak değerlerinin başında yörenin jeomorfolojik önemi gelir. Honaz Dağı, Ege Bölgesi’nde Periglasiyal ortam şartlarının hüküm sürdüğü az sayıda yerden birisidir. Bu sebeple dağ üzerinde birçok Periglasiyal şartları karakterize eden jeomorfolojik şekil bulunmaktadır. Ana şekil grubu olarak ise yöre horst biçiminde uzanmaktadır. Tektonik ve buzlanma sonucu ise oldukça dik bir görünüm kazanmıştır.
