Honaz Dağı Milli Parkı ve civarında 964 bitki türü saptanmış olup, bunun 122’si Türkiye için endemiktir. Dünyada sadece Honaz Dağı’nda yetişen 3 adet bitki türü (ballıbaba, sığırkuyruğu, safran) tespit edilmiştir. Yaban hayatı açısından zenginlik içeren Honaz Dağı Milli Parkı’nda özellikle dağ keçisi yoğun olarak bulunmaktadır. Ayrıca yaban domuzu, tavşan, tilki, porsuk da bulunmaktadır. Honaz Dağı Milli Parkı’nda yerel ismi Dağ Anası olarak bilinen çok zehirli bir yılan türüne de rastlamak mümkündür.
Honaz Dağı’nda kuzey ve güney cephelerin bitki örtüsü birbirinden farklıdır. Kuzey cephe Büyük Menderes Ovası’na tamamen açıktır, dik yamaçlıdır ve taban yükseltisi 500 m’den itibaren birdenbire yükselir. Bu cephe, Akdeniz iklimi tesiri altında olup yaprak dökmeyen çalı ve ağaçlarla kaplıdır. Güney cephe ise 1000-1300 m’den itibaren başlar. Bu cephe karasal iklimin tesiri altında olup yamaçları gene oldukça diktir fakat taşlı, kıraç ve ağaçsızdır.